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根據(jù)《關于簡并增值稅稅率有關政策的通知》（財稅〔2017〕37號）（以下簡稱37號文）和國家稅務總局2017年第19號公告，從2017年7月1日開始執(zhí)行簡并后的增值稅稅率（8月1日開始申報）。
根據(jù)37號文中附件一中適用11%增值稅稅率貨物范圍注釋，農(nóng)業(yè)產(chǎn)品具體征稅范圍繼續(xù)沿用財稅字〔1995〕52號及現(xiàn)行相關規(guī)定。 苗木類應屬于農(nóng)業(yè)產(chǎn)品-植物類-園藝植物/林業(yè)植物/其他植物，因此其相關增值稅抵扣應屬于農(nóng)產(chǎn)品增值稅抵扣的范疇。
一、納稅人銷售或進口苗木，稅率為11%。
二、納稅人購進苗木，按下列規(guī)定抵扣進項稅額：
納稅人取得一般納稅人開具的增值稅專用發(fā)票或海關進口增值稅專用繳款書的，以增值稅專用發(fā)票或海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額為進項稅額；
納稅人取得小規(guī)模納稅人（按照簡易計稅方法依照3%征收率計算繳納增值稅）去稅務機關代開的增值稅專用發(fā)票的，以增值稅專用發(fā)票上注明的金額和11%的扣除率計算進項稅額；
納稅人取得苗木銷售發(fā)票或開具收購發(fā)票的，以苗木銷售發(fā)票或收購發(fā)票上注明的苗木買價和11%的扣除率計算進項稅額。
可抵扣進項稅額＝增值稅專用發(fā)票上注明的金額 (或苗木銷售發(fā)票或收購發(fā)票上注明的苗木買價)× 扣除率11%
建筑企業(yè)不適用：
營業(yè)稅改征增值稅試點期間，納稅人購進用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工17%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品維持原扣除力度不變。主要看你銷售時的稅率，如果銷售時稅率是17%扣除率就是13%，銷售時稅率是11%，扣除數(shù)就是11%。
三、購進苗木抵扣進項稅額的扣稅憑證
（1）從生產(chǎn)環(huán)節(jié)購進苗木
農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者銷售自產(chǎn)的苗木免征增值稅，免稅貨物不得開具增值稅專用發(fā)票。購買方可以以苗木銷售發(fā)票或收購發(fā)票作為扣稅憑證抵扣進項稅額。苗木銷售發(fā)票是指農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者銷售自產(chǎn)苗木適用免征增值稅政策而開具的普通發(fā)票。
1、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者是稅務登記戶，銷售時應向購買方開具苗木銷售發(fā)票。納稅人向已辦理稅務登記的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者購買苗木取得農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者開具的普通發(fā)票時，最好在備注欄內(nèi)或具體苗木名稱后注明“農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者自產(chǎn)”，避免抵扣進項稅額時產(chǎn)生不必要的麻煩；
2、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者是農(nóng)民個人，銷售時購買方應向農(nóng)民個人開具苗木收購發(fā)票，或去稅務機關代開銷售發(fā)票，備注農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者自產(chǎn)；
3、購買方到外縣市收購農(nóng)民個人的苗木，不能攜帶空白的收購發(fā)票到收購地開具，可以在收購后回機構(gòu)所在地開具苗木收購發(fā)票郵寄給農(nóng)民個人，也可以由農(nóng)民個人到稅務機關代開普通發(fā)票。
（2）從批發(fā)零售環(huán)節(jié)購進苗木
1、如果批發(fā)零售商是增值稅一般納稅人，可以開具增值稅專用發(fā)票；
2、如果批發(fā)零售商是小規(guī)模納稅人，可以自行開具增值稅普通發(fā)票（不屬于苗木銷售發(fā)票，不可作為扣稅憑證）或去稅務機關代開增值稅專用發(fā)票。
一般納稅人從批發(fā)零售環(huán)節(jié)購進苗木，必須以銷售方自行開具或者申請稅務機關代開的增值稅專用發(fā)票作為扣稅憑證。
（3）進口苗木
納稅人進口苗木應以海關進口增值稅專用繳款書作為扣稅憑證。
重要說明
一、37號文對“銷售發(fā)票”的概念進行了重新界定。
根據(jù)36號文規(guī)定，購進農(nóng)產(chǎn)品，除取得增值稅專用發(fā)票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或者銷售發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和13%的扣除率計算的進項稅額。計算公式為：進項稅額=買價×扣除率。（買價，是指納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品在農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或者銷售發(fā)票上注明的價款和按照規(guī)定繳納的煙葉稅。）財稅[2012]75號文規(guī)定，準予抵扣的農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票，是指小規(guī)模納稅人銷售農(nóng)產(chǎn)品依照3%征收率繳稅的普通發(fā)票。批發(fā)、零售納稅人免稅普通發(fā)票不得作為抵扣憑證。
37號文頒布以前，購進免稅苗木無法得到進項稅額抵扣。只有從小規(guī)模納稅人處購進應稅苗木，才可以按照增值稅普通發(fā)票上注明的價稅合計額和13%的扣除率計算抵扣進項稅額。
37號文頒布以后，購進免稅苗木可以憑取得或開具的銷售發(fā)票或收購發(fā)票抵扣進項稅額。同時，從小規(guī)模納稅人處購進應稅苗木，必須取得增值稅專用發(fā)票才可以進行抵扣。
舉例：
A公司從小規(guī)模納稅人處購進苗木（應稅），共支付價稅合計10300元，其進項稅額的抵扣區(qū)分四種情況。
取得發(fā)票時間 2017年7月1日之后 2017年7月1日之前
取得發(fā)票類型 取得專票 取得普票 取得專票 取得普票
可抵扣進項稅額10000×11%=11000 10000×3%=300 10300×13%=1339
二、摒棄了價稅合計抵扣的方法，采用不含稅價計算抵扣。
舉例：
A公司2017年8月10日購進苗木，共支付11000元。進項稅額抵扣情況如下：
購進來源 從一般納稅人處購進 從小規(guī)模納稅人處購進
取得發(fā)票類型 苗木非自產(chǎn) 苗木自產(chǎn)（免稅），取得普通發(fā)票 苗木自產(chǎn)（免稅），取得普通發(fā)票
專票 普票 專票 普票
可抵扣進項 11000/（1+11%）×11%=1100 0 11000/ 11000×11%=1221（1+3%）×11%=1185 11000×11%=1221
計入的成本為價稅合計額減去可抵扣進項稅額。
三、開具收購發(fā)票時需要留存農(nóng)民身份證明以及村級以上人民政府出具的自產(chǎn)自銷證明備查。農(nóng)民專業(yè)合作社、農(nóng)場以及農(nóng)業(yè)開發(fā)公司等農(nóng)業(yè)生產(chǎn)單位開具的自產(chǎn)免稅苗木銷售發(fā)票，初次購買時可以要求對方提供免稅備案表復印件證明是銷售自產(chǎn)免稅苗木。
各地稅務機關對于抵扣解釋不一，有些地區(qū)稅務局回復收購發(fā)票已經(jīng)取消，銷售發(fā)票抵扣時需攜帶相關證明（農(nóng)戶身份證，自產(chǎn)自銷證明）去稅務機關進行認證后方可抵扣。但對于購買應稅苗木取得的增值稅專用發(fā)票，一律可以抵扣。
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